Sebagai pemenuhan kebutuhan fasilitas penunjang kesehatan bagi keluarga besar Masjid Agung Jawa Tengah dan masyarakat sekitar MAJT, maka didirikanlah Klinik Masjid Agung Jawa Tengah. Klinik ini berada di area timur MAJT di sekitar pusat oleh-oleh dan UMKM MAJT.