Kembalinya banda wakaf Masjid Besar Kauman Semarang menjadi momentum sejarah yang penting bagi masyarakat muslim Semarang. Momentum kembalinya banda wakaf tersebut menjadi titik klimaks perjuangan masyarakat muslim semarang dalam menyelesaikan masalah yang sebenarnya telah muncul seajk tahun 1980.Kembalinya banda wakaf Masjid Besar Kauman Semarang tersebut inilah yang menjadi latar belakang sejarah pendirian Masjid Agung Jawa Tengah. Pada tanggal 6 juni 2001 Gubernur Jawa Tengah membentuk Tim Koordinasi Pembangunan Masjid Agung Jawa Tengah yang terdiri atas unsur Pemerintahan Propinsi, Majelis Ulama Indonesia, Masjid Besar Kauman Semarang, Departemen Agama, Departemen Pekerjaan Umum, Organisasi Kemasyarakatan Islam, Pemerintah Kota, dan Cendekiawan.